En la actualidad, el tratamiento de las pacientes con cáncer de mama se basa fundamentalmente en la determinación de los factores pronósticos anatomopatológicos, que pueden ser evaluados de forma rutinaria en el estudio de las piezas quirúrgicas. Es por ello que el estudio macro y microscópico de estas piezas debe ser minucioso y sistematizado, siendo recomendable el seguimiento de protocolos aceptados y consensuados con los clínicos a quienes van dirigidos. La incorporación a estos protocolos de determinaciones específicas (ploidía, oncogenes, genes supresores, etc.) tiene sentido (a excepción de una finalidad investigadora) solo si se utiliza con finalidad terapéutica a la hora de valorar el riesgo de determinados subgrupos de pacientes. La utilidad de estos marcadores en la predicción de la respuesta a determinados tratamientos, si bien es esperanzadora, no está actualmente establecida.